جلال‌الدین فارسی در گفت‌وگو با روزنامه ایران با اشاره به برخی تحولات دهه 60 گفته است: «خوئینی‌ها اصلا عددی نیست، وی نه عالم است و نه فقیه، دادستان شدن ایشان هم جالب است. مقام معظم رهبری، هاشمی رفسنجانی و بنده دقیقا در جریان ماجرا هستیم. یکی از نزدیکان امام(ره) به ایشان می‌گوید: خوئینی‌ها عالم و فقیه است و شاگرد آقای منتظری است، هنگامی که منتظری به محضر امام(ره) می‌رسد در خیل صحبت‌های مختلف، امام(ره) بی‌مقدمه می‌پرسند آقای موسوی خوئینی‌ها پیش شما درس خوانده‌اند اما فکر می‌کنند بنا به سخنان اطرافیان و تایید آقای منتظری وی فقیه است و حکم را صادر می‌کند. بعد از صدور حکم وقتی آقایان سراغ آیت‌الله منتظری رفته و به ایشان می‌گویند این حکم به تایید و اظهارنظر شما صادر شده وی با رد این سخن می‌گوید من اصلا نگفتم خوئینی‌ها چقدر درس خوانده است. وی همچنین در خصوص مواضع شهید آیت و شهید دیالمه نسبت به آقای میرحسین موسوی گفت: «بحث بیشتر بر سر مصدقی بودن ایشان بود. کارهای ایشان آنقدر روشن و علنی است که نیاز به طرح شهادت شهید آیت نیست. وی مقاله را با تیتر بسیار درشتی در حمایت دکتر پیمان با عنوان «دکتر حبیب‌الله پیمان متفکر بزرگ اسلامی» در روزنامه جمهوری اسلامی منتشر می‌کند. محاکمه موسوی در شورای 30 نفره حزب جمهوری اسلامی میرحسین این مقاله را در ارگان رسمی حزب منتشر کرده بود لذا شورای 30 نفره میرحسین را محاکمه کردند. در همان جلسه همگان با طرح نقدهای خود قصد اخراج وی از حزب را داشتند. مقام معظم رهبری، هاشمی رفسنجانی، شهید بهشتی و موسوی اردبیلی هم سرشان را پایین انداخته بودند و یک کلمه هم در تایید او نگفتند. جلسه به اوج احساسات رسیده بود که من با اخراج یک عضو مخالفت کردم چرا که اخراج یک عضو از شورای مرکزی نشانگر آن بود که ما تحقیقی درباره یک عضو رسمی و شورای مرکزی حزب نکردیم. اصلا اینجا می‌خواهم بگویم که دست میرحسین را مقام معظم رهبری گرفتند و به حزب آوردند، به هر حال ما می‌خواستیم این لکه ننگ را پاک کنیم.» وی با ابراز اینکه مقام معظم رهبری نباید ایشان را وارد مجمع تشخیص مصلحت نظام می‌کردند، افزود: «رهبری به‌طور کلی بسیار به افراد فرصت‌های مختلف می‌دهند لذا ایشان با این حرکت بلوای آنها را به تاخیر انداختند.» نه کروبی، نه میرحسین و نه خاتمی اصلاً با قرآن و اسلام آشنایی ندارند اجازه بدهید که صراحتاً بگویم که به نظر من میرحسین اصولا به زندگی پس از مرگ اعتقادی ندارد چرا که به خوبی وی می‌داند که اقدامات وی موجب تضعیف قدرت‌های حق و نظام برخاسته از خون شهداست، اینها اگر به مرگ معتقد بودند اگر به انقلاب معتقد بودند، لحظه‌ای به این رفتار خود ادامه نمی‌دادند. من با یقین کامل می‌گویم که نه کروبی و نه میرحسین اصلا با قرآن و اسلام آشنایی ندارند. حتی با وجود احترام بسیار زیادی که برای شخص آقای خاتمی قائل هستم و تابه‌حال کوچک‌ترین اظهارنظری درباره ایشان نکردم اما باید به محضر ملت بزرگوار ایران بگویم که حجت‌الاسلام خاتمی هم با محتوای قرآن آشنا نیستند.